与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。 然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是太阳神阿波罗——女神雅典娜的哥哥。他此番带领神斗士前来，企图将人类消灭。对于雅典娜及其麾下的圣斗士来说，这是前所未有的大危机……

圣斗士本来是一群英勇战士，在地球失出和平之际，这群圣斗士便会出现，维护正义。故事发生的十三年前，一名黄金圣斗士艾奥罗斯抱着一个女婴跑出圣域，这…

古希腊，一群勇敢的战士们守护在战争女神雅典娜身边，与邪恶做斗争，他们被称作"圣斗士"。现代，一群以星矢为首的青铜战士们再次来到雅典娜的化身纱织小姐身边，与邪恶势力进行着顽强的斗争。

圣斗士系列的延续，圣斗士星矢Ω以新一代圣斗士的战斗故事为主线，讲述天马座青铜圣斗士光牙和同伴们不畏艰险，共同对抗企图挟持女神雅典娜、毁灭世界的邪恶势力玛尔斯的故事。

从神话时代到现代，每当有邪恶出现之时，正义的希望斗士·圣斗士必然会挺身而出。他们身穿名叫圣衣的武具，为女神雅典娜而战。其中，数次救下雅典娜的青…

16年前，射手座黄金圣斗士艾欧洛斯怀抱真正的女神转世雅典娜逃出圣域，途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的阻击身负重伤。命运的趋势下，垂危一线的艾欧洛斯将女神托付给刚好来喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政（大杉涟 配音）。知晓前因后果的光政将女神带回日本，并为之起名沙织，以孙女的名义将其抚养长大。接受命运和女神的感召，经过艰苦训练的星矢（石川界人 配音）、紫龙（赤羽根健治 配音）、冰河（小野贤章 配音）、瞬（冈本信彦 配音）等少年相继回到日本，如今他们已成长为足以独当一面的圣斗士。

纱织正在照顾受伤的星矢，突然来自天界的刺客出现在她的面前，但是星矢已经在与哈迪斯的战争中失去了全部的感觉。为了救星矢，作为交换的条件，雅典娜把地球的控制权交给了她的姐姐——月神阿耳忒弥斯。过了一段时间之后，星矢、紫龙、冰河和瞬了解到大地上发生了一些奇怪的现象，于是他们决心前往现在被阿耳忒弥斯掌管着的圣域，等待着他们的将会是什么呢？